MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 plasmid pUSA300HOUMR

Total Repeats: 268

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010063	TAA	2	6	14	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010063	ACT	2	6	42	47	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010063	TAA	2	6	67	72	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010063	TTTA	2	8	87	94	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010063	TA	3	6	93	98	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010063	TAT	2	6	113	118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010063	AAT	2	6	125	130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010063	TAAA	2	8	156	163	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010063	TAAA	2	8	172	179	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010063	TTA	2	6	186	191	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010063	T	6	6	222	227	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010063	ATC	2	6	1263	1268	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_010063	TGA	2	6	1281	1286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010063	CGA	2	6	1287	1292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_010063	A	7	7	1292	1298	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010063	TGG	2	6	1356	1361	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010063	TGA	2	6	1431	1436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010063	GAA	2	6	1453	1458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010063	A	7	7	1457	1463	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010063	ATT	3	9	1504	1512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010063	T	7	7	1538	1544	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010063	A	6	6	1558	1563	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010063	TGTA	2	8	1591	1598	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010063	TTAAA	2	10	1739	1748	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010063	A	6	6	1858	1863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010063	TTTG	2	8	1888	1895	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010063	AT	3	6	1906	1911	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010063	TAA	2	6	2033	2038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010063	GA	3	6	2060	2065	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010063	A	6	6	2240	2245	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010063	GAA	2	6	2260	2265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010063	ATA	2	6	3094	3099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010063	TAAG	2	8	3116	3123	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010063	ATTT	2	8	3141	3148	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010063	AT	3	6	3151	3156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010063	AAT	2	6	3391	3396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010063	TAGAT	2	10	3446	3455	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010063	T	7	7	3462	3468	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010063	TCT	2	6	3489	3494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010063	TTTTTG	2	12	3627	3638	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010063	AT	3	6	3647	3652	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010063	AT	3	6	3683	3688	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010063	A	6	6	3764	3769	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010063	TTTC	2	8	3802	3809	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_010063	TATT	2	8	3818	3825	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010063	TTTC	2	8	3826	3833	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_010063	TCG	2	6	3843	3848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_010063	A	6	6	3858	3863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010063	ACG	2	6	4066	4071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_010063	TTAT	2	8	4145	4152	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010063	TAA	2	6	4182	4187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010063	A	6	6	4287	4292	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010063	GAA	2	6	4307	4312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010063	ATT	2	6	4442	4447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010063	TCT	2	6	5491	5496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_010063	A	6	6	5511	5516	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010063	TA	3	6	5523	5528	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010063	GAC	2	6	5535	5540	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_010063	TAA	2	6	5580	5585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010063	TC	3	6	5598	5603	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_010063	AG	3	6	5620	5625	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010063	CAT	2	6	5659	5664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_010063	TCA	2	6	5673	5678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_010063	GCTGT	2	10	5682	5691	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_010063	TAT	2	6	5696	5701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010063	CAA	2	6	5722	5727	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_010063	TAAT	2	8	5729	5736	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010063	A	6	6	5761	5766	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010063	ACT	2	6	5774	5779	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_010063	TA	3	6	5824	5829	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010063	TAG	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010063	TTC	2	6	5920	5925	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010063	TGT	2	6	5931	5936	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010063	TTC	2	6	5969	5974	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_010063	CATT	2	8	6015	6022	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_010063	AT	3	6	6037	6042	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010063	AATT	2	8	6083	6090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010063	AT	3	6	6115	6120	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010063	AAT	2	6	6229	6234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010063	T	6	6	6245	6250	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010063	TAT	2	6	6259	6264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010063	ATT	3	9	6273	6281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010063	T	7	7	6299	6305	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010063	CTTTT	2	10	6320	6329	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_010063	CAC	2	6	6394	6399	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_010063	ATTC	2	8	6440	6447	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_010063	TGC	2	6	6476	6481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010063	ATCCAC	2	12	6546	6557	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_010063	CAT	2	6	6576	6581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_010063	CTT	2	6	6606	6611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_010063	CAA	2	6	6636	6641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_010063	TCA	2	6	6779	6784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010063	TAAC	2	8	6800	6807	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_010063	ACT	2	6	6827	6832	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_010063	CTT	2	6	6855	6860	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_010063	TTG	2	6	6888	6893	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010063	ATGAT	2	10	6921	6930	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010063	AG	3	6	6955	6960	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010063	A	6	6	7402	7407	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010063	TAGCT	2	10	7445	7454	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_010063	TA	3	6	7459	7464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010063	CTA	2	6	7498	7503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_010063	TAA	2	6	7533	7538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010063	TAT	2	6	7561	7566	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010063	A	6	6	7591	7596	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010063	AT	3	6	7628	7633	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010063	ATT	2	6	7638	7643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010063	A	6	6	7660	7665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010063	TGA	2	6	7703	7708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010063	TAT	2	6	7733	7738	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010063	T	6	6	7745	7750	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010063	TA	3	6	7752	7757	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010063	AAAT	2	8	7790	7797	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010063	ATA	2	6	7805	7810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010063	ATA	2	6	7854	7859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010063	ATA	2	6	7866	7871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010063	TATT	2	8	7893	7900	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010063	AAT	2	6	8801	8806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010063	TAT	2	6	8837	8842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010063	AAG	2	6	8853	8858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010063	ATA	2	6	11014	11019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010063	TTA	2	6	11043	11048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010063	AT	3	6	11075	11080	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010063	T	6	6	11130	11135	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010063	TAAG	2	8	11143	11150	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010063	CAA	2	6	11180	11185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_010063	A	6	6	11184	11189	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010063	TA	3	6	11239	11244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010063	CTA	2	6	11866	11871	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_010063	AAT	2	6	11872	11877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010063	TA	3	6	11880	11885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010063	ATA	2	6	11959	11964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010063	TAA	3	9	11984	11992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010063	A	6	6	11999	12004	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010063	T	6	6	12023	12028	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010063	ATA	2	6	12032	12037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010063	TA	3	6	12267	12272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010063	TAC	2	6	12290	12295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_010063	A	6	6	12303	12308	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010063	AAG	2	6	12310	12315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010063	ATT	2	6	12322	12327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010063	TAA	2	6	12417	12422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010063	TCT	2	6	12498	12503	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_010063	T	7	7	13217	13223	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010063	CAT	2	6	13271	13276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_010063	CTT	2	6	13292	13297	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_010063	CCT	2	6	13434	13439	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
148	NC_010063	ATTGA	2	10	13450	13459	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010063	TGC	2	6	13493	13498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_010063	T	7	7	13578	13584	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_010063	GATTT	2	10	13602	13611	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_010063	CTG	2	6	13675	13680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_010063	CCG	2	6	13699	13704	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
154	NC_010063	CTT	2	6	13786	13791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_010063	ATT	2	6	13863	13868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_010063	T	7	7	13867	13873	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_010063	TCC	2	6	13928	13933	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
158	NC_010063	AGCT	2	8	13973	13980	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
159	NC_010063	TAT	2	6	14992	14997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_010063	TTCC	2	8	14998	15005	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
161	NC_010063	AAG	2	6	15034	15039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_010063	CT	3	6	15623	15628	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
163	NC_010063	T	6	6	15679	15684	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_010063	AAT	2	6	15794	15799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_010063	AT	3	6	15867	15872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_010063	ATC	2	6	16234	16239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_010063	TAA	2	6	16315	16320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_010063	AT	3	6	16365	16370	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_010063	CAG	2	6	17170	17175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_010063	ATC	2	6	17189	17194	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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187	NC_010063	TCC	2	6	17299	17304	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
188	NC_010063	TGT	2	6	18987	18992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_010063	ACTT	2	8	19133	19140	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
192	NC_010063	AT	3	6	19173	19178	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_010063	CA	3	6	19323	19328	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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197	NC_010063	ATGT	2	8	19521	19528	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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205	NC_010063	AT	3	6	19857	19862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
206	NC_010063	AAT	2	6	19887	19892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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262	NC_010063	ATT	2	6	26001	26006	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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264	NC_010063	TA	3	6	26053	26058	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_010063	ATT	2	6	26097	26102	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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267	NC_010063	TAA	2	6	26924	26929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
268	NC_010063	CATC	2	8	26941	26948	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.